在蓝宝石的鉴定中，纯净度，也就是透明度，永远是必须要被考虑的一个重要要素。这是因为，一颗蓝宝石的透明度高不高，直接影响到的是我们对于这颗蓝宝石的视觉观感。相信没有一个人，会喜欢上内部遍是杂质，质地浑浊的蓝宝石。因此，蓝宝石越透明，它的品质就越好，市场价值也就越高。
决定蓝宝石透明度的关键，在于它的内部结构。蓝宝石是一种内部结构非常复杂的宝石，这是由于它是在复杂的地质条件中诞生的缘故。在宝石行业中，将蓝宝石内部结构中的杂质称为“包裹体”，这些包裹体各自有着不一样的形状、大小、颜色等等。一颗宝石中，包裹体数量过多、体积又大的话，就会干扰光线穿透蓝宝石，使蓝宝石显得浑浊，从而降低它的品质。
此外，包裹体的颜色、折射率等等应与蓝宝石本体保持一致或相似，如果相差较大的话，就会很容易被肉眼察觉。宝石的包裹体尽量不要出现在肉眼易察觉的地方，比如台面，不然也会影响到蓝宝石的品质。值得注意的是，天然蓝宝石，内部完全没有包裹体是不可能的，只要包裹体体积细小，肉眼不易见到，看上去足够纯澈，就可以说它的透明度达到了要求。
除了内部结构，外部特征也会对蓝宝石的透明度造成一定的影响，比如缺口、划痕、抛光纹等，它们可以通过镶嵌、再次抛光等方法进行遮挡和消除，但这依然会对蓝宝石的品质造成一定程度的影响。
检测蓝宝石的透明度，有一个非常简单的方法，就是通过放大镜进行观察。首先，我们可以观察蓝宝石的外表有没有明显的划痕、缺口、裂纹等等。然后我们就可以观察蓝宝石的内部结构，若是资深的宝石爱好者，就可以从包裹体的构成、排列中，推测出这颗蓝宝石的品质。此外，我们还可以用肉眼透过蓝宝石观察后方物体，如果物体能够被清晰显示出来，就说明这颗蓝宝石的透明度合格了。
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