天然珍珠与养殖珍珠的鉴定是比较困难的，两者外表特征基本相似，单凭肉眼观察很难区分，用仪器鉴测也是复杂的。
目前已有比重法、锥孔法、内窥镜法、x射线照相术和x射线荧光组合法等，而且单使用一种方法也较难断定，其中x射线照相术和x射线荧光组合法是一种具有结论性的检测，但鉴定成本太高。个人购买的珍珠，一般不采用这种方法进行鉴别。下面介绍几种比较令人确信的天然珍珠和养殖珍珠的鉴定方法。
一.鉴别珍珠之x射线照相法
用 x射线照相法鉴定珍珠，可以测定整串珍珠。在天然珍珠中，对x射线的吸收决定于珍珠母质厚度，因为它是均匀的物体。天然珍珠用射线透射得到的x射线相片会出现几个微细的层次，而养殖珍珠一般在核与珍珠母质之间的分界线非常明显，这是因为珍珠母核附近的壳基质层的透光度很好。若没有固体核的淡水养殖珍珠，则在中心附近常常出现黑色蠕虫状斑点。
二.鉴别珍珠之内窥镜法
内窥镜法分为单镜法和双镜法，但较为严重的缺点是所需要鉴定的珠子必须单个打穿才能试验。
单窥镜法
用强光源直接从一侧照射珍珠来检查穿孔珍珠的壁。光通过珍珠壁反射到镜面，在镜面上光又被反射到聚焦的显微镜。若为天然珍珠，观察者则能见到一层一层的同心圆，一直到珍珠的中心，而且光的亮度随之逐渐减弱;若为养殖珍珠，则同心圆的范围好像是由珍珠母核突然开始的，而且亮度迅速减弱。
双镜法
双镜法采用的是一种空心针，两面镜子与针的延长方向成45°角，彼此成90°角。仔细地利用这种方法几乎百分之百有效。
具体方法为：把空心针装在强光源前面，使光直接穿过空心针到达第一个镜面，通过这个镜面光反射到穿孔珍珠的壁上。如果珍珠是养殖的，光将沿许多平行层传播，一直到光穿透薄的珍珠母质的壳层;若是天然珍珠，光直接穿过穿孔珍珠，直照到第二个镜子上，反射到显微镜内。这是因为在天然珍珠中，当光投射到穿孔珍珠的壁上时，光在珍珠母质的同心圆内围绕珍珠传播，开始射到壁上的光被全反射的结果。
三.鉴别珍珠之荧光法
荧光法常与x射线法联合应用，而且它们联合应用时所得出的结论最为准确。
在x射线中，所有养殖珍珠均会发出荧光。但天然珍珠中，只有淡水天然珍珠和某些澳大利亚的天然珍珠才会发出荧光。这种荧光检验结果再加上仔细研究x射线相片提供的资料，就可以准确的鉴定串珠和相似的单个珍珠。
四.鉴别珍珠之x射线衍射法
天然珍珠在x射线的照射中，在任何位置，所产生的衍射图有六次对称，所出现的是六方图案的斑点。养殖珍珠只有在一个衍射位置才能产生六次对称图。在这个位置时，若把珍珠转动90°，将产生四次对称图。这种方法的缺点是珍珠母质厚度大的养殖珍珠，在大部分方向上也可能产生六方图形，且检验无核的淡水养珠时，与天然珍珠不能区分。
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