淡水珍珠与海水珍珠(以南珠为例)的养殖技术是不同的，因此结构也有所不同。淡水珍珠是无核的，所有的成分都由珍珠质组成，因此若以淡水珍珠制成珍珠粉，不存在其它物质混杂。而海水珍珠是有核的，其核一般由猪蹄蚌的贝壳磨成，珍珠质仅覆盖于表面，厚0.1~0.3毫米，生长期1年左右(淡水珠达4~5年)，因此海水珍珠外围的珍珠质较薄，若以海水珠全部磨粉，则其中只有少量的珍珠质，大部分是贝壳粉，所以药用或美容效果不好，但假如海水珍珠要加工成100%的珍珠粉，必须先去掉内核，成本很高，也不易加工。
另外，海水珍珠多因有内核，其形状比较好控制，大多都比较规则，所以用做装饰物或手饰价值会更高，只有少部分不规则无装饰价值的海水珍珠用来做珍珠粉，所以海水珍珠粉的产量也不高。在药典中，海水珍珠和淡水珍珠是可以同等入药的。
科学分析发现，淡水珍珠与海水珍珠的成分是有区别的，淡水珍珠有3种氨基酸含量较海水低，2种与之持平。第一点：珍珠粉，是由珍珠的有效成分通过科学方法加工而成，而其中海水珍珠是在矿物质及各类营养物质相当天然，丰富的大海里孕育出来的，海水珍珠在冰凉的大海里让海水珍珠更加清凉，滋润，消炎等功效;淡水珍珠是在湖或者人工池塘等浅水中生成的。
二者的生长环境不一样，所含的矿物质及微量元素也肯定不一样，其二者的功效也肯定不一样了，近几年，淡水受污染严重，淡水珍珠粉的功效已经大大小于海水珍珠粉。第二点：海水珍珠的产量极低，一般平均三只贝才可以产一粒海水珍珠;淡水珍珠的产量倒是比较高，据现在全国甚至全世界较大的淡水珍珠养殖基地——湖南岳阳的介绍，平均每一贝可产淡水珍珠6--8粒，所以可以想象，海水珍珠的价格比淡水珍珠的价格相对高得多。
第三点：也是较关键的一点，由于中华近十多年的发展，环境污染越来严重，加上淡水养殖主要靠饲料饲养，产量高但其产品无机物质含量较高，而具备美容保健作用的有机物质含量很低。海水有天然矿物质和营养成份，海水污染相对较少(尤其是北海的海域污染更加少，北海的空气也是全国较好的三个城市其一，全国较大的氧吧之称)浮生物也较多，珍珠比较天然(养殖的海水珍珠，也是靠大海的自身提供的营养，而不是用饲料另一养大的)通过大海的孕育，低产量的海水珍珠能保证其有机质含量，这对美容保健相当的关键的作用。
第四点：海水珍珠的开关比较正圆，光泽也好，而淡水珍珠的开关多呈椭圆形，米粒形等。海水珍珠的光泽更加晶莹剔透，光芒四射，淡水珍珠相对缺少这种柔美的光泽。
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